En el desarrollo embriológico se perfila la formación de las cavidades internas o ventrículos encefálicos por los que se formará y circulará el LCR. Así, el prosencéfalo dará origen a una vesícula central (diencéfalo) y dos vesículas laterales ( vesículas telencéfalicas). En el interior del diencéfalo está la cavidad o ventrículo diencefálico (llamado III ventrículo), el cual comunica con los ventrículos laterales (también llamados I y II ventrículos) de las dos vesículas telencéfalicas a través de los agujeros interventriculares o de Monro.
Este III ventrículo, se estrecha caudalmente cuando entra en el mesencéfalo o encéfalo medio, formando el acueducto de Silvio o acueducto mesencefálico que discurre por éste último, y que comunica a su vez con el IV ventrículo del rombencéfalo o encéfalo posterior, constituido por el puente y la médula oblongada. Este IV ventrículo tiene unas aperturas laterales y además se prolonga caudalmente por la médula espinal constituyendo el canal central de la médula espinal.